Desa Mojodeso sudah menerima banyak prestasi atau penghargaan sejak tahun 2013 hingga Tahun 2018. Total ada 16 prestasi yang berhasil diraih oleh Desa Mojodeso yang merupakan hadiah dari kerja keras pemerintah desa bersama masyarakatnya dalam membangun Desa Mojodeso. Prestasi atau penghargaan tersebut diantaranya sebagai berikut :

• Pada tahun 2013 hingga tahun 2015 berhasil mendapatkan Juara 1 Lomba Gerbang Bojonegoro Bersinar 3 kali berturut-turut. Pada tahun 2016 memang Desa Mojodeso belum berhasil meraih kejuaraan tersebut, namun pada tahun 2017 penghargaan tersebut kembali diraih oleh Desa Mojodeso yang melibatkan setiap RT karena perlombaan pada tahun 2017 ditujukan untuk lomba antar RT Se-Kabupaten Bojonegoro. Pada Lomba antar RT tersebut terdapat 13 RT yang mendapatkan penghargaan. (total 4 penghargaan)
• Desa Mojodeso memiliki sebuah organisasi yang disebut dengan Dewan Kesenian Desa (DKD) yang memperoleh prestasi sebagai penyaji terbaik kedua pawai budaya tingkat umum Kabupaten Bojonegoro pada tahun 2014. (1 Penghargaan)
• Desa Mojodeso berhasil meraih Penghargaan Berseri Tingkat Pratama pada tahun 2016 dan Penghargaan Berseri Tingkat Madya pada tahun 2017. (total 2 penghargaan)
• Penghargaan Program Kampung Iklim (Proklim) dari Kementrian Lingkungan Hidup juga berhasil dibawa pulang oleh Desa Mojodeso pada tahun 2016 dan Trophy penghargaan kategori utama berhasil diraih pada tahun 2017 serta diterima langsung oleh Bapak Warsiman selaku Kepala Desa Mojodeso di Istana Merdeka Jakarta. (total 2 penghargaan)
• Adapun berhasil meraih Penghargaan Juara 1 Lingkungan Bersih dan Sehat (LBS) dari TP.PKK Provinsi Jawa Timur pada tahun 2017. ( 1 penghargaan)
• Kemudian Penghargaan Lomba Lingkungan Bersih dan Sehat Tingkat Nasional Pakarti Utama pada tahun 2017. (1 penghargaan)
• Penghargaan dari Pemerintah Kabupaten Bojonegoro yaitu Penghargaan STBM (Sanitasi Total Berbasis Masyarakat) pada tahun 2017. (1 penghargaan)
• Berhasil meraih Penghargaan sebagai Desa Terbuka dengan Indeks Tertinggi Pertama pada tahun 2017. (1 pernghargaan)
• Terakhir pada awal tahun 2018 berhasil meraih Penghargaan Berseri Tingkat Mandiri dari Provinsi Jawa Timur. (1 Penghargaan)
• Pada bulan November 2018 Desa Mojodeso memperoleh sertifikat penghargaan dari Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Kabupaten Bojonegoro sebagai Wisata Kampung Kreatif Mojodeso terbaik kedua. Penghargaan tersebut diberikan sebagai apresiasi pengelolaan wisata desa oleh kelompok sadar wisata di bawah naungan Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Kabupaten Bojonegoro. (1 Penghargaan)
• Pada tanggal 17 Desember 2018 Dinas Komunikasi dan Informatika Kabupaten Bojonegoro juga memberikan penghargaan kepada Pemerintah Desa Mojodeso sebagai 8 Desa Inovatif dan Transparan pada pelaporan layanan informasi dan transparansi Pemerintah Desa Tahun 2018. (1 Penghargaan)